到了明朝中葉，世宗嘉靖（西元一五二二至一五六六年）在位的前期，得到張孚敬的輔佐，推行改革，成效顯著，史稱「嘉靖中興」。

張居正在萬曆三年（西元一五七五年），以自己少年時的親身體驗，對嘉靖前期整頓學政的成就予以極高的評價。他說：「臣等幼時，猶及見提學官多海內名流，類能以道自重，不苟徇人，人亦無敢幹以私者。士習儒風，猶為近古。」

後來，世宗濫用夫役與國家的財力大事興建，迷信方士、尊崇道教，好長生不老之術，每年不斷修設齋醮，造成國庫龐大的支出。世宗好行房中術及煉丹祕方，二十多年未上朝，不問國政。寵信嚴嵩專政二十年，殘害忠良，楊繼盛、沈鍊等朝臣慘遭殺害。明朝的國政，從此走向衰退。

世宗因寵信紹元節（正一道道士），發生排斥佛教的事件。京師的佛教受到廢佛和道教勢力的排擊，尤其是宮廷的佛教幾乎蕩然無存；佛教文物遭受嚴重破壞，令佛教於精神及社會層面皆受到極大損失。

世宗嘉靖以後，度牒變成交易的物品；若想出家成為僧尼，必須買度牒。有些人想逃避服兵役或國家的義務勞動，就花錢買度牒，成為名義上的僧尼；為了救濟災荒，朝廷亦出售度牒，以換取米糧。如此一來，造成僧尼的素質良莠不齊。此時，地方官府大量私下販賣度牒，使得僧眾之間龍蛇混雜；甚至有犯罪者，為了逃避隱匿而以出家相示人。久而久之，「僧人」犯戒違規的情況嚴重。

世宗嘉靖二十二年，禮部志稿中就提到「尼僧仍復潛聚京師、或私置房屋、或投托親知，誘引良家婦女，恣肆多端不可枚舉，若不申明先年諭旨嚴加禁革，則縱欲導淫，傷風敗俗愈甚而不可制除。」又提到「自成化二年起至十二年，共度僧道十四萬五千餘人，而私造度牒者尚未知其數。此輩游食天下，奸盜詐偽靡所不為使；不早為處置，大則嘯山林謀為不軌，小則興妖言煽惑人心，為患非細。今蘇州等處，累獲強盜多係僧人。」諸如此類，可見當時「僧眾」所造成的社會亂象。

因此，到了蕅益大師身處的明朝末期，一般僧人不守戒律、不學教理，禪門弟子拿著幾句公案轉語偽裝成有道之士，成為當時的普遍現象。

自英宗正統年間以後，歷經景帝、憲宗、孝宗、武宗諸帝，均崇信佛教；因此，政策上對出家眾給予了一些社會的福利與特權。然而，在這樣政治環境下，佛教非但沒有興盛，反而產生世俗與墮落的傾向。

神宗萬曆期間，禪、講、律的寺院皆轉成講寺；表面看似宗派融合的局勢，實則造成戒律地位被忽略和宗乘主體消融的局面。

當時的僧人戒律鬆弛；由於不重視戒律，自然不會想要學戒，不知道戒法的開遮持犯及作持。只是虛有出家之表，而無真實的僧人行誼。

明朝，禪僧的地位最高，僧人多以參禪為傲。由於禪宗是教外別傳，主張以心印心、不立文字，逐漸演變成禪宗門徒以「不重文字」自居，輕蔑經典，不重視佛教的教理。這些參禪者，多半不是為了明心見性而參禪；參禪只是一個幌子，並無實際的證悟及修為。

此外，對於佛經的印行，相較於前朝則頗為發達。

明朝的印刷業已經發展到一個新的高峰，在印刷書的數量和品種、印花的技術和工藝上，印花的體系和分布等各方面都已經超過宋元時期。由於印刷業的進步，佛經的刻印規模也大幅度提升。

明初，在南京刻印的《大藏經》，是當時最大的印刷工程。在太祖洪武五年（西元一三七二年）開始刻印，到洪武三十一年（西元一三九八年）完成，因為刻印於南京，也稱為《洪武南藏》。成祖永樂十年至十五年（西元一四一二年至一四一七年），以《洪武南藏》為刻本，略作更動，共六百三十六函、六千三百三十一卷，版木多達五萬七千一百六十枚，均採「經摺裝」，又稱為《永樂南藏》。

數年後，在北京刻印《北藏》，全名為《大明三藏聖教北藏》；在成祖永樂十九年（西元一四二一年）開始刻印，到英宗正統五年（西元一四四〇年）完成。之後，世宗嘉靖年間又在杭州刻印的《武林藏》，是最初刻成的方冊藏經。

神宗萬曆年間紫柏大師所創刻的方冊本《大藏經》，以經板藏於徑山，故名徑山藏，統稱《嘉興藏》。

除了漢文，還有用藏文刻印的《藏經》，在明代稱為《番藏》，永樂、萬曆年間都曾刻印過。