由於大師對地藏菩薩虔誠的信心、地藏法門的相應以及強烈的罪惡感（年少時的闢佛），希望藉由地藏菩薩的滅罪法門，來懺除業障。大師決意前往地藏菩薩的聖地——九華山隱遁，專心修行。在三月間，到了九華山，朝禮地藏菩薩塔。

此時，大師無法決定其修行法門，是先懺悔業障呢？或先修禪定呢？或著述弘經呢？還是先培福呢？只好向地藏菩薩祈願、占鬮，請地藏菩薩指點迷津，決定修行的法門（註三）。於是大師做四個鬮：

第一鬮，「懺悔業障」：即一心拜佛，懇求懺悔，希望能得到清淨的戒體。

第二鬮，「坐禪修定」：即參禪打坐，希望能夠斷惑證真。

第三鬮，「閱藏著述」：即廣閱並著述經論，希望能夠開啟智慧。

第四鬮，「植諸善本」：即多修善行，培養福報。

然後，大師認真修十幾天的加行法後占鬮，結果占到「閱藏著述」的鬮。於是，確定大師一生主要的修行方向——深入經藏，著述弘經。此後，大師的餘生，以「閱藏著述」成為大師主要的修行法門。

九華山雖然是修行的聖地，卻不適合生病的人居住。由於其地勢高峻，在三月間仍然很寒冷，即使穿著厚重的棉襖入睡，仍不覺有暖意。而且，當時生活條件很貧乏，大師常以米糠和豆腐渣度日；對體弱多病的大師而言，自然是雪上加霜，其健康狀況變得更糟。

此時的大師已是枯瘦如柴；偶爾與人見面，他人稱大師為「禪癯」，也就是瘦弱的禪者，大師原本也以為將會老死於此。

如大師在〈遣病歌〉描述：

九華峰頭雲霧濃，三月四月如隆冬；厚擁敝袍供高臥，煖氣遠遁來無從。

九華山中泉味逸，百滾千沸中邊蜜；捨取松毬鎮日煨，權作參苓療我疾。

我疾堪嗟療偏難，阿難隔日我三日；豈向旦暮戀空華，悲我知門未詣室。

是以持名日孜孜，擬開同體妙三慈；我病治時生界治，剎那非速劫非遲。

不管身體和生活條件的惡劣，大師繼續研讀大藏經千餘卷。接著，大師撰寫〈九華地藏塔前願文〉，祈求地藏菩薩加持，使念念憶菩提心，早成念佛三昧，決生彌陀世界。又撰寫〈亡母十周願文〉，祈願母親得生淨土。

大師到金陵參訪時，看到禪門的衰相，究其原因，主要是不重視教理，而導致戒律鬆弛。於是大師致力於復興戒律，努力促成五比丘如法共住，共同振興佛教，只是事與願違，多年努力，仍無法如願。

而戒律鬆弛的原因，是不重視和學習佛教的教理；大師認為天台的教理可以矯治當時禪宗的弊端，便鑽研天台宗，以整治當時佛門的弊病。因此，專心研究並弘揚教理及戒律，是大師壯年前期主要的修持重心。

綜觀以上所述，大師壯年前期主要的修持重心在於不忍聖教的衰敗，致力於研究戒律及天台宗的教理，精勤閱讀律藏，編纂《毗尼事義集要》，廣弘戒律，並結交益友成立毗尼社，努力促成五比丘如法共住，復興佛教。但是，歷經多年的努力，仍然無法如願。

大師不只是致力於小乘的律儀，而且極力弘揚大乘的菩薩戒。大師曾說過：「夫大小兩乘，皆首戒律，而大必兼小，小不兼大。」也就是說：大乘和小乘佛法都是以戒律作為最重要的一環，大乘的戒律必定兼融小乘的戒律，但小乘戒無法兼融大乘的戒律。例如，大乘的菩薩戒，包含攝律儀戒、攝善法戒、攝眾生戒等三聚淨戒；而小乘的律儀只有包含攝律儀戒而已。因此，大師的《重治毗尼事義集要》中，對於比丘戒條文的註解，主張必須與菩薩戒相對照，這是大師戒律思想的特色。

【註釋】

註三：本章數次提到大師占鬮問佛，是否有違佛陀不許僧人占相吉凶呢？

《佛遺教經》提到：「持淨戒者，不得……占相吉凶、仰觀星宿、推步盈虛、曆數算計，皆所不應。」為何大師會以卜筮決定自己的修行法門？

大師如是註釋《佛遺教經》：「持淨戒者，不得……占相吉凶、仰觀星宿、推步盈虛、曆數算計，皆所不應。」謂此皆屬邪心求利，不算正規的因緣法，所以不與持淨戒者相應。

於《占察善惡業報經玄義》則云：依於（地藏）大士所示三種輪相，至誠擲視，名之為「占」；審諦觀其相應與否，名之為「察」。若是為自己或他人去除疑問，可以學習此法，不得隨逐世間卜筮法。簡而言之，此與一般的占卜是有別的。

大師認為，《占察善惡業報經》的卜筮是依據地藏菩薩所指示的三種輪相來決定，非邪心求利，所以不同於世間卜筮法。

因此，大師遇到難以決斷的事情時，例如：該用教下何種方式註解《梵網經》？或決斷自己的戒體為何？或該先修何種法門？甚至是否恢復比丘身分？大師都完全仰賴三寶加被，藉由占鬮來決定。