開皇十三年（西元五九三年），楊廣從揚州回長安的路上，經過陝州（今河南三門峽市西陝縣老城）時，曾經發信至荊州恭迎智者大師。但智者大師並沒有應邀前往，而是繼續留在荊州弘法。

 在這次的結夏安居期間，智者大師又於玉泉寺開講《法華》經題，由灌頂大師記錄成文，此即天台三大部之一的《法華玄義》。

智者以「妙法蓮華經」五字收攝全體之佛法，並不是單就《妙法蓮華經》一經之內涵而說，而是基本上認為這部經典含攝了一切經教之圓教，故解釋本經之經名，即可遍觀一切佛經的本質。其方法便是運用「權實」、「跡本」等概念，建立起「五時八教」的教判體系；以《法華經》之一乘圓教收攝佛陀於不同時空的方便教法，由此彰顯其「妙」不可言。

據說，這次宣說《法華》經題，光是一「妙」字就講了九十天，可見智者大師分析之精微；後世引為美談，稱之為「九旬談妙」。（智者如何分析「妙」之一字，請參閱「智者大師的重要著作」一章）

五月，智者大師命弟子智邃寫信給楊廣，主要有三件事：一、把已繪好的玉泉寺圖紙交給楊廣，以便楊廣上書朝廷，使寺院能夠有正式的敕額；二、請楊廣撰寫一篇關於南嶽慧思大師的碑文；三、把一件「萬春樹皮袈裟」獻給楊廣，以便他受菩薩戒後持八關齋戒之用。

「萬春」，即萬年之意。萬春樹皮袈裟是梁武帝時外國進獻的貢品；本有四件，如今只剩一件。智者將其轉贈給楊廣，可見大師對這位俗家弟子之顧念。

對於智者大師的請託，楊廣當然一一照辦。 

從這一年春至夏季，天氣乾旱，當地百姓認為是由於金龍池被填成了平地建寺，以致於龍王發怒。於是，智者大師來到溪水發源之處，口誦咒語、手灑楊枝甘露，立即風雨交加、乾旱頓除。老百姓都大喜過望，對大師無不頌揚讚歎。  

七月，楊廣把智者大師在荊州建寺一事上奏隋文帝，隋文帝很快地下旨賜名寺額；原號為「一音」，重改為「玉泉」（因「水色如玉」也）。

在開皇十四年（五九四）的安居期間，智者大師則於荊州玉泉寺開講「天台三大部」中的最後一部——《摩訶止觀》。

「止觀」，又可分為「止」與「觀」，乃是禪修的兩種方法或兩個階段。

「止」為梵語śhamatha之意譯，音譯為奢摩他、奢摩它、奢摩陀等，又可意譯為禪定、止禪、寂止禪；指的是以專注的力量安定身心，是戒、定、慧三無漏學中的定學。

「觀」則為梵語vipaśyanā的意譯，音譯為毗缽舍那、毗婆舍那等，意指以智慧來觀察，乃三無漏學之中的慧學。

「摩訶」為梵語maha之音譯，意為「大、偉大」；以其義理之博大精深，與其他天台止觀法門有別，故稱「摩訶」。

本書乃是智者大師將其證悟以文字般若予以展現，乃是天台獨到的至極觀門。不但盛傳於唐、宋、元、明、清，且普及至日本、韓國，均尊為天台最高法門之實踐。其倡「一念三千」，以眾生日常生活中剎那現前的妄念為所觀，當下便可作為證悟諸法實相之契機。本書論述之詳盡，可說集唐代以前漢傳佛教禪修法門之大成。（關於《摩訶止觀》及「一念三千」之觀法，詳見本書之「影響」部分）

已故的當代國學大師南懷瑾先生認為，近世學者所著之「佛學概論」，往往只是流於名相之解釋，於學子無甚裨益；在他看來，只有四部著作堪可作為「佛學概論」：《大智度論》、《瑜伽師地論》兩部印度論典，及《宗鏡錄》（唐末五代永明延壽禪師著）、《摩訶止觀》兩部漢地著作，前三部皆為百卷之巨。

這四部著作之所以能作為「概論」，乃是因這四部鉅著皆包括了佛門的整套教理與實踐次第的修行體系，能作為修學佛法之依據；修習了其中一部「概論」，自能對其他經論觸類旁通。

「僅」二十卷的《摩訶止觀》能與其他三部百卷鉅作等量齊觀，可以想見其內容之密實精妙及重要性。

安居結束之後，智者大師就離開荊州，準備回到南方。途徑岳州（今湖南岳陽市）時，刺史王宣武禮請智者大師為其傳授大乘菩薩戒法，主掌編纂撰述的學士曇捷則請講《金光明經》。

岳陽就在洞庭湖旁，許多當地百姓皆以捕魚殺生為業；聽了智者大師宣講《金光明經》以後，深受感化。於是，一郡所屬的五個縣，全都捨棄了原有的殺生捕魚之業，另謀其他生計。