十一月二十一日，大師造〈發願文〉（收入《國清百錄》第六十四）。這篇臨終發願文的內容主要為兩方面：一是付囑後人要修立三處佛像，包括吳縣的維衛及迦葉二像、鄮縣阿育王塔寺、剡縣十丈彌勒；二是於三寶前發願，若自己今世已對佛法無益，願早入滅。

吳縣，即今江蘇省蘇州市。「維衛」指的是毘婆尸佛（Vipaśyin），又音譯為鞞婆尸、毘婆沙，乃過去七佛的第一尊佛；「迦葉」則是指釋迦佛之前成道的迦葉佛。這兩尊佛乃屬「過去七佛」：毗婆尸佛、尸棄佛、毗舍浮佛、拘留孫佛、拘那含牟尼佛、迦葉佛、釋迦牟尼佛。此中前三佛出於過去莊嚴劫之末，拘留孫佛以下，出於現在的賢劫。

鄮縣（今浙江寧波市鄞縣）的阿育王塔寺，其源於：相傳僧人慧達日夜禮誦祈禱，而有寶塔及舍利湧出；慧達即於該地建精舍供奉舍利寶塔，並精勤禮懺。此為阿育王山舍利殿之由來。

「剡縣十丈彌勒」，便是智者大師臥疾處的新昌彌勒大佛。

智者大師說，這三處佛像，可視為過去、現在、未來三世佛法之示現，能作為眾生之福田；如今這些佛像都已頹敗毀缺、剝落損壞，應予以整建。修復三處佛像的原因則是為了：

先為興顯三世佛法，次為擁護大隋國土，下為法界一切眾生。

因此，大師希望楊廣以及後人能夠重新裝飾修整；並把將來要造寺的圖紙式樣和在石像前所發的願文，全都一併囑託給楊廣。

此外，大師並口述了要呈給楊廣的遺書（收入《國清百錄》第六十五）。待遺書寫完後，大師讓弟子們把室內打掃乾淨，索要三衣缽，放在自己的身邊，並令侍者唱誦《法華經》和《無量壽經》，作為最後的聞思修慧。

聽完《法華經》，大師不無感慨地說，《法華經》宣說諸法實相為體，猶如所有經論之父母，智慧解脫皆由此而生。如來本地久遠、垂跡深廣，登地菩薩於佛本跡壽命，尚所未盡，可知其微妙難測。我深入探究四十餘年，卻發現真正能夠證悟佛陀智慧者並不多。由於眾生沒有根機，我將入於寂滅，「輟斤（斧）絕弦於今日矣」——就如沒有了知音，郢人不再運斧（典出《莊子．徐無鬼》）、伯牙不復彈琴（典出《列子．湯問》）一般。

聽完《無量壽經》之後，大師則讚歎，阿彌陀佛以四十八大願建構與莊嚴西方極樂淨土，只要具足信、願、持名三資糧就能往生，相當簡便易行；但眾生愚迷，很少有人精進確實地修行，以生西方。當地獄的火車之相出現時，若能臨終改過懺悔，一心念佛、「乃至十念」，尚且能夠往生；何況平時能夠認真持戒修慧，精進熏習修行，這般修行佛道的努力是不會落空的。

誦經時，在場的吳郡侍官張達等五人，看見石佛似乎比平常大了好幾倍；光明滿山，直入房內。

誦唱完畢以後，智者大師索要香湯漱口，然後說道：

「十如是、四不生、三觀、四無量心、四悉檀、四諦、十二因緣、六波羅蜜等，每一個法門都能攝持一切法，都能通達心地，直到涅槃無憂惱之處。」

「若能於『病患境』達諸法門者，即『二十五人』，便可寄託法脈。」大師此處又用了「商行寄金」的典故。

「這是我最後鞭策你們修習止觀以及討論佛法，我該趨入最終的圓善寂滅了。」

弟子智朗在身旁，悲痛之餘，再一次請益：「願師父最後還能為我們解疑：不知師父之修為居於何位（不審何位）？將來當生何處（歿此何生）？師父去後，我們應以誰為師（誰可宗仰）？」

 對於智朗這三個問題，大師先是警醒弟子：「你們『懶種善根』，現在又來問我功德，就如同盲人問牛奶是什麼顏色一般，你們難以領悟，聽了也根本沒有用處。從今以後，你們應當更加戮力修行才是。」

「如盲問乳」典出《大般涅槃經．卷十三》。其譬喻與「盲人摸象」相近，即以種種比喻，也無法令盲人了解乳的顏色：「是生盲人，雖聞如是四種譬喻，終不能得識乳真色。是諸外道亦複如是，終不能識常樂我淨。」

「責之切」後，大師仍分別回答了智朗的問題——

一、「不審何位」：大師答道，以他的功德，如果不領眾，必然能到六根清淨位；只是領眾過早，因而損了自身修行，如今只達到五品弟子位。

「六根清淨位」及「五品弟子位」皆為未證法身的地前菩薩﹕依大師所示現的教、觀境界，後人皆認為此乃智者之謙詞，或藉此告誡弟子須精勤修行。印光大師便認為：「智者大師，久證法身；十地等妙，均莫能測。」

二、「歿此何生」：大師回答，「吾諸師友，侍從觀音，皆來迎我。」因有阿彌陀佛之脅侍觀音菩薩來迎，故後人皆推測應往生西方淨土。

三、「誰可宗仰」：智者大師告訴弟子，他往生後，弟子們應當以波羅提木叉（戒律）為師，以四種三昧為明導；就如智者常說的，戒律及四種三昧，能夠——

教汝舍重擔，教汝降三毒，教汝治四大，教汝解業縛，教汝破魔軍，

教汝調禪味，教汝折慢幢，教汝遠邪濟，教汝出無為坑，教汝離大悲難。

唯此大師，能作依止。

波羅提木叉（Pratimokṣa），意譯「別解脫」、「隨順解脫」、「保得解脫」等，亦即佛教出家眾所應遵守的戒律。若受持五、八、十、具等戒，於身三口四等七支罪分別解脫，故名別解脫。依戒而解脫生死輪迴，順應涅槃境地，故名「隨順解脫」。又，依戒而保得解脫，故名「保得解脫」。如《佛遺教經》云：「汝等比丘，於我滅後當尊重珍敬波羅提木叉，如闇遇明，貧人得寶，當知此則是汝大師。」

四種三昧指的則是前文曾述及之：常坐三昧、常行三昧、半行半坐三昧、非行非坐三昧。

大師更語重心長地提醒：「我與你們，以法為親，是為了傳習佛法而成為眷屬。如果你們不聽教導、不能延續佛燈，那就是魔軍弟子，不是我的法親眷屬了。希望你們能謹記。」

告誡完後，他對維那（統領僧眾庶務者，亦負責領眾梵唱）說：「人將命終時，聽到引磬聲，能增加正念，希望引磬之聲持續，直到我氣盡身冷為止。世間的悲泣及喪服皆不應為，一同正念佛號即可。」說完，大師唱三寶名，結跏趺坐入寂，面色如常，如入禪定一般。

隋開皇十七年（丁巳年，西元五九七年），十一月二十四日未時，一代宗師智者大師辭世，世壽六十，僧夏四十。大師法體，直到第二天依然頭頂溫暖。

有關大師的往生處，在《別傳注》中有一段說明：智者的弟子智晞法師，在晚年將要入滅時，弟子問他將生何處？智晞法師回答：「我在夢中，曾到兜率天，我必生在那裡。」又說，智者大師與左右弟子都在那邊的寶座上，唯獨一張座位空著。智晞法師問智者，為什麼唯獨這座位空？智者回答，六年後，灌頂當來這裡說法，所以先給他留了位。

這一段記錄，說明智者是生到兜率天。然而又有人認為，智者臨終說「觀音大士來迎我」，因觀音大士乃是「西方三聖」之一，應當是歸於西方極樂世界。兜率或極樂，智者大師到底降生何處？

無論兜率或者極樂，按智者大師圓教法門的角度，都是所行無礙的。又，《維摩經》云「唯心淨土」，心若淨時，哪裡不是淨土？不論兜率或極樂，皆是持續精進修行之所在。

智者圓寂後，遺體被送回天台。後人在天台山佛隴建塔，其中有智者大師六角形肉身塔，此塔今日仍在天台山真覺寺中。

「十如是」等法門

十如是

典出鳩摩羅什所譯《妙法蓮華經》（為其他譯本所無），「即如是相、如是性、如是體、如是力、如是作、如是因、如是緣、如是果、如是報、如是本末究竟等」。

四不生

典出《中論》，意指：（一）諸法不自生；（二）諸法不他生；（三）諸法不共生；（四）諸法不無因生。

十法界

即「地獄、餓鬼、畜生、阿修羅、人、天、聲聞、緣覺、菩薩、佛」等十界；前六者是六凡，後四者為四聖。

三觀

即天台宗所主張之「空、假、中」三觀。（詳見「智者大師的重要思想」一章）

四無量心

與一切眾生樂，名「慈無量心」；拔一切眾生苦，名「悲無量心」；見人行善或離苦得樂，深生歡喜，名「喜無量心」；對一切眾生怨親平等、不起愛憎，名「捨無量心」。因此四心普濟無量眾生、引生無量之福，故名無量心。

四悉檀

為梵語Siddhānta之音譯，意為「成就」。典出《大智度論》：「有四種悉檀……四悉檀中總攝一切十二部經、八萬四千法藏，皆是實相，無相違背。」佛以此四法成就眾生之佛道，故名四悉檀也。

一、「世界悉檀」：又稱「樂欲悉檀」，乃是為了適應俗情，以方便誘導人們親近佛法為目標的教法。

二、「各各為人悉檀」：又稱「生善悉檀」，乃是針對眾生根器不同，隨機說法，以啟發眾生善根，以建立修學佛法信心為目標的教法。

三、「對治悉檀」：又稱「斷惡悉檀」，乃是為了糾正眾生的某些弊端或消除某種煩惱，以導正為目標的教法。

四、「第一義悉檀」：又稱「入理悉檀」，直接趣入諸法實相、究竟解脫，顯示佛法真義的教法；此即是緣起中道法，也就是無自性空。 

四諦

即四聖諦（catvāri āryasatyāni），亦即苦（苦的真實存在、無常即苦）、集（苦的原因）、滅（苦的消滅）、道（滅苦的方法）。

十二因緣

梵語Nidāna，亦稱十二緣起支（pratītya-samutpāda-aṅga），意指從過去世到未來世、生死輪迴過程的十二個環節：

「無明」緣（引起）「行」（身、口、意之造作行為）

「行」緣「識」（眼、耳、鼻、舌、身、意六識）

「識」緣「名色」（名為心——思維，色指色身）

「名色」緣「六入」（亦作「六處」，即六根——眼、耳、鼻、舌、身、意六種感覺之官能）

「六入」緣「觸」（六根與外界「六塵」之接觸）

「觸」緣「受」（六根接觸六塵後而生起苦樂感受）

「受」緣「愛」（因苦樂而有所好惡、愛憎）

「愛」緣「取」（因貪愛而有所執取、追求）

「取」緣「有」（因執取諸境而產生業因）

「有」緣「生」（由業因而於六道中誕生）

「生」緣「老死」（受生之後，又因色身敗壞而衰老、死亡）

如此十二因緣相續不斷、周而復始，此為眾生之「流轉」；經由修習佛法，而得「還滅」證入涅槃：無明滅則行滅，行滅則識滅，識滅則名色滅，名色滅則六入滅，六入滅則觸滅，觸滅則受滅，受滅則愛滅，愛滅則取滅，取滅則有滅，有滅則生滅，生滅則憂悲老死滅。

六波羅蜜

梵語為ṣaḍ-pāramitā；pāramitā為「度至彼岸」之意，故又稱為「六度」、「六度無極」，即六種渡過生死苦海、達至涅槃彼岸的方法。分別為：

布施（dāna-pāramitā，檀波羅蜜、檀那波羅蜜）

持戒（śīla-pāramitā，尸波羅蜜、尸羅波羅蜜）

忍辱（kṣānti-pāramitā，羼提波羅蜜）

精進（vīrya-pāramitā，毗梨耶波羅蜜）

禪定（dhyāna-pāramitā，禪度波羅蜜、禪那波羅蜜）

智慧（prajñā-pāramitā，般若波羅蜜）