好大喜功的隋煬帝興建運河勞民傷財，造成無數死傷，人民苦不堪言。到了大業元年（西元六〇五年），隨著通濟渠的開鑿，煬帝與此同時南下巡視，「帝自洛陽遷駕大渠。詔江淮諸州造大船五百隻。使命至，急如星火。民間有配著造船一隻者，家產破，用皆盡，猶有不足。」（《開河記》）造大船、建運河、置糧倉、闢疆土……神秀就是生在這個過分徵用民力的年代。

 

（中略）

 

隋煬帝營建東都致使「東都役使促迫，僵僕而斃者，十四五焉。每月載死丁，東至城皋，北至河陽，車相望於道。」（《隋書》）當遠行服役的百姓無法歸鄉，留居故里者也因橫徵暴斂而失業，便出現「人飢相食，邑落為墟」（《隋書》）的景況。而煬帝三征高句麗（西元六一二至六一八年），「晝夜不絕，死者相枕，臭穢盈路，天下騷動」（《資治通鑑》），也導致隋末各地起義，群雄出兵。

少年神秀親眼目睹黎庶塗炭的痛苦；其老家所在的河南地區，正處於餓殍遍地的情況。

河南當時有座天下第一富足的糧倉——洛口糧倉（又稱興洛倉，今河南省鄭州市轄下鞏義），通過運河已儲備豐沛的軍糧；然而，朝廷卻不願放開國儲、開倉賑災。翟讓、李密為首的瓦崗軍看中興洛倉的重要價值，遂號召天下英雄響應就倉用糧。

大業十二年（西元六一六年），瓦崗軍七千多人兵入熒陽郡（今河南省鄭州市），大業十三年二月攻克興洛倉，之後又陸續襲破回洛倉和黎陽倉；幾個糧倉的開啟，終於讓人有了一線生機。於是，神秀不顧個人安危，決定動身前往乞糧。《五燈會元》說神秀：「少親儒業，博綜多聞。」可見其年少時有著儒家以天下為己任的胸懷。

尉氏縣與熒陽郡雖同在河南，兩個地方實際距離也有上百里，十多歲的神秀就這樣在戰亂中徒步前行，走過起起伏伏的嵩山山脈，所到之處屍橫遍野；觸目所見，生靈塗炭。瓦崗軍入熒陽後接著前進金提關要塞，爾後直搗東都洛陽，意在推翻隋朝。然而，瓦崗軍內部不久後出現矛盾、分裂，雖在義寧元年（西元六一八年）六月大敗當時群雄之一的宇文化及，征戰的結果卻也使瓦崗軍受到嚴重折損。同年十月，王世充率領隋軍擊敗李密，瓦崗軍至此瓦解。

王世充（生年不詳，卒於西元六二一年）本姓支，是西域胡人，曾平定楊玄感之亂並鎮壓起義，更於大業十一年（西元六一五年）楊廣受困雁門關時帶軍勤王，所以很受隋煬帝器重。當瓦崗軍佔據洛陽、隋煬帝被殺之後，王世充等人立楊侗為帝（隋恭帝）；待其擊退瓦崗軍後，遂於皇泰二年（西元六一九年）廢帝自立，改國號為「鄭」。

《傳法寶紀》這樣記載少年神秀的離亂歲月：「年十三，屬隋季王世充擾亂，河南、山東飢疫，因至熒陽義倉請糧。」